Story:

Resurrection of Evil beginnt zwei Jahre nach den Ereignissen aus Doom 3 und setzt dort an, wo Doom 3 aufgehört hat. Nachdem ihr am Ende von Doom 3 den Soul Cube letztmalig eingesetzt habt, werdet Ihr mit irgendwelchen scheinheiligen Aufträgen zurücktransportiert. Die UAC behandelt die Geschehnisse in der Öffentlichkeit derweil als katastrophalen Industrieunfall. Kein Wort von den Ausgeburten der Hölle, die nahezu alle Lebewesen vernichtet haben.

Dann, zwei Jahre später, empfängt die UAC ein merkwürdiges Signal von der Oberfläche des Mars. Sie stellen fest, dass es aus Site 1 kommt, ein Bereich, der von ihnen bereits untersucht wurde. Auf Beschluss der UAC-Verantwortlichen wird ein Trupp Ingenieure mit Kampferfahrung ausgesandt, um die Ursache des Signals aufzudecken. Ihr spielt diesmal keinen Marine mehr, sondern seid einer der Ingenieure unter dem Kommando von Elizabeth McNeil. Elizabeth tauchte bereits im originalen Doom 3 auf; sie war es, die Swan alarmiert hatte, dass Dr. Betruger nichts Gutes im Schilde führt. Bevor dann die Hölle hereinbrach hatte sie bereits den Planeten verlassen.

Durch Nachforschungen findet ihr heraus, dass ein antikes Artefakt die Quelle des Signals ist. Es ist eine Waffe des Bösen - das Äquivalent der Hölle zum Soul Cube. Mit einem kleinen Team dringt ihr in die Ruinen ein und nehmt das Artefakt an euch. Dabei passiert das Unfassbare: Das Portal zur Hölle wird wieder geöffnet.

Dr. Betruger konnte am Ende von Doom 3 in die Hölle flüchten und will nun das Artefakt, welches Bloodstone genannt wird, in den Besitz der Höllenmächte bringen. Er schickt 3 dämonische Jäger nach euch aus um den Bloodstone zurückzuerobern. Jeder eurer Verfolger besitzt eine Spezialfähigkeit, die ihr euch aneignet sobald ihr ihn besiegt habt. Die Spezialfähigkeiten werden in Verbindung mit dem Bloodstone benutzt. Als Erstes gelangt ihr in den Besitz der Hell-Time. Bei der Anwendung verlangsamt sich der Zeitablauf eurer Umgebung, ihr selbst könnt euch aber normal weiterbewegen. Der zweite Jäger verfügt über den Berserker Modus, d.h. ab sofort könnt ihr ohne Powerup über den Bloodstone in den Berserker-Zustand verfallen. Zuletzt erhaltet ihr Unverwundbarkeit.

Ebenso wie der Soul Cube, wird der Bloodstone durch die Seelen eurer Opfer aufgeladen. Bei Aktivierung werden zur gleichen Zeit alle drei Kräfte freigesetzt, so dass ihr für einen bestimmten Zeitraum unbesiegbar seid, mehr Schaden anrichtet und zusätzlich einen zeitlichen Vorteil gegenüber euren Gegner habt.

Ob das ausreicht um gegen die Kreaturen der Hölle erneut zu bestehen ...